In passato anche Bologna aveva un porto, anzi uno dei porti fluviali più importanti dell'Italia settentrionale, in realtà erano cinque. Per secoli i trasporti, sia di merci che di persone, nella pianura padana furono effettuati su acqua. Nacque "attorno alla metà del ‘500 a seguito dell’incremento di scambi commerciali per via fluviale sviluppatisi grazie alla fitta rete di canali che trasportavano le acque del fiume Reno dalle colline circostanti direttamente al centro della città . Originariamente le vie di acqua venivano utilizzate come erano, come le aveva modellati la natura, poi, in periodi diversi i comuni emiliani, a seguito della necessità di incrementare i trasporti e ridurre i costi, costruirono vari canali navigabili per collegare le città al Po,. Nel XIII secolo si provvede a scavare il canale Navile alimentato dalle acque del Reno e Savena e dei diversi corsi d'acqua provenienti dalle colline. Fino alla seconda metà del XVIII secolo la navigazione da Bologna al Po veniva suddivisa in due tratti:
- da Bologna a Malalbergo tramite il canale Navile su barche trainate da cavalli o buoi. Questo tratto è lungo circa 36 km,;a Malalbergo vi era una stazione di sosta dove i viaggiatori potevano ristorarsi in una locanda alquanto malfamata (da qui il nome del paese).
- da Malalbergo a Ferrare tramite le paludi . A Malalbergo le merci e i passeggeri venivano trasbordati su barche a fondo piatto che i barcaioli spingevano a remi fino a Ferrara.. Giunti a Ferrara si aveva un trasbordo su banche più grandi, spesso a vela, per il tratto finale fino a Venezia. Era consuetudine il traino di più barche in convoglio anche per ragioni di sicurezza, spesso questi convogli viaggiavano con una scorta armata. il viaggio per le persone non era certo comodo, da Bologna a Corticella occorrevano circa 4 ore causa i molti sostegni da passare (punti in cui confluiscono tutte le acque in uscita dalla città), 7 ore per raggiungere Malalbergo.
Uno di questi canali, attualmente interrato, all’incrocio tra via di Riva Reno e via Marconi si divide in due, il canale del Cavaticcio prosegue verso Largo Caduti del Lavoro ove oggi si affacciano alcuni degli uffici della Direzione Territoriale Emilia Romagna e Marche e si dirige verso via del Porto, chiamata così perché da qui iniziavano le banchine dell’allora porto fluviale di Bologna, il Navile. Non distante dall’attuale Ufficio ADM di Bologna, sorgeva l’edificio della Dogana, sede della Gabella Grossa, punto di partenza e di arrivo delle merci che viaggiavano sul Navile. La somiglianza con una chiesa e la presenza sul canale delle lavandaie furono causa del nome popolare che questo edificio ebbe: la "cisa di lavandèr", la chiesa dei lavandai. I proventi dei dazi sulle merci servirono per secoli a finanziare l'Università. L’edificio, così come il porto urbano, furono demoliti nel 1934.
Attualmente del porto di Bologna resta solo la "Salara", la "ripe del gesso" e un'ampia porzione della banchina portuale.